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厦门大学医学院院长，福建省眼科与视觉科学重点实验室主任，同时兼任中华医学会眼科学分会角膜病学组副组长，国际眼表疾病协会及亚洲角膜病协会理事，亚洲干眼协会副主席等。是我国眼科学首位教育部长江学者特聘教授。
曾于1992年及1997年两次赴美进行博士后研究，2001年至2002年任北京大学眼科中心林护眼科医院副院长、眼科研究所负责人;2003年任中山大学中山眼科中心副主任、眼表疾病研究中心主任、眼科视光学系主任等。《中华眼科杂志》，《中华细胞与干细胞移植》及《中华眼科与视觉科学杂志》等4家杂志副主编，《Ocular Surface》，《中华眼科杂志》等14家国内外杂志编委、 IOVS、Cornea等12家国际 眼科杂志审稿人。
刘祖国教授获得了国家杰出青年基金、国家自然科学基金(4项)、863计划项目、973计划项目，NSFC-RGC合作项目等50余项科研基金的资助。共发表文章326篇，其中研究论文266篇( 一作者或通讯作者论文153篇)，SCI论文98篇( 一作者或通讯作者论文70篇)。其中影响因子在10分以上的文章2篇，7分以上的文章7篇，5分以上的文章15篇。在国际眼科研究杂志IOVS发表研究论文20篇，在国际眼科临床研究杂志ophthalmology发表研究论文6篇。在我国眼科杂志《中华眼科杂志》发表论文54篇。
刘祖国教授主编及参与编写教材和专著共39部，其中主编7部，包括系统介绍眼表疾病的专著《眼表疾病学》，《角膜地形图学》(该专著获得 十一届全国优秀科技图书三等奖);2次为人民卫生出版社出版的眼科 专著《中华眼科学》的结膜，角膜和巩膜疾病的分卷主编;2次主编了人民卫生出版社出版的国家5年制本科规范教材《眼科学基础》( 一版和 二版);是国家5年制本科规范教材《眼科学》的副主编。
刘祖国教授在眼表疾病领域进行了系统的临床及基础研究工作，多次获得科技成果奖。其中，3次获得国家科技进步二等奖，6次获得省部 科技进步一等奖。
刘祖国教授长期从事角膜病及眼表疾病的临床工作。率先在我国创建了眼表疾病中心，率先在我国开设了干眼疾病专科，为无数此类患者解除了病痛。为了推广眼表疾病的概念及提高我国此领域的临床水平，他近年来应邀到我国30个省、市，共作了300余次学术报告和特邀讲座，数十次的会诊及示范手术，为提高我国在此领域的临床和科研水平做出了贡献。同时他培养了我国此领域大量的人才，包括50多名博士、硕士及大量的进修医师，他们中有的已成为我国大学附属医院的眼科主任或美国的大学助理教授。
